处理办法
负数发票根据国家税务总局（国税函[2003]962号）关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知第一条的规定增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
（一）销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证，但开具负数发票冲账时必须填《开具红字增值税专用发票申请单》上报税局同意后才可以在金穗防伪税控系统开具。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
负数发票（二）因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票,也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
962号文的规定已经说明，只有原发票开具错误，才可以退回给销货方重新开具增值税专用发票发票（实际操作先按原错票内容开具一张负数发票，然后再按正确的内容开具一份篮字发票交给购货方）。由于增值税发票过期未进行认证而发票自身开具没有问题，是不能退回重开的。
如果，确属发票开具错误，购货方将抵扣联和发票联退回，退回的抵扣联和发票联附在开具的负数发票的存根联和发票联后面，作为开具负数发票的依据；负数发票的记帐联附在冲减原入帐收入的记帐凭证后面作为原始凭证；由于原错票的存根联和发票联由购货方退回，负数发票不需要给购货方，将重新开具的正数发票的抵扣联和发票联交给购货方就可以了。
发票开具
负数发票使用电脑开票系统开票时，千万要注意，增值税普通发票可根据实际情况，据实开具，增值税专用发票要开负数发票，必须事先报主管税务机关审批，然后才能开具，否则不但无效，而且还违规。
国税函[2003]962号对您的问题有明确规定，供您参考： 国家税务总局关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知：
增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
关于开具增值税专用发票负数发票的新规定
负数发票各一般纳税人：
一、自2007年1月1日起，一般纳税人开具红字专用发票，不再凭购货方税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》，必须以购货方提供的由其主管税务机关开具的《开具红字增值税专用发票通知单》（以下称《通知单》）》为依据，没有《通知单》不得开具红字发票。
自2007年1月1日起，一般纳税人开具红字专用发票不符合新修订的《专用发票使用规定》的规定的，各单位应责令改正并按有关规定处理。
二、一般纳税人因销货退回、销售折让或发票票面错误等原因需要销售方开具红字专用发票的，应持内容填写齐全的《开具红字增值税专用发票申请单》（以下称《申请单》）到办税服务厅办理，“开具红字专用发票理由”应详细阐明。办税服务厅受理人员审核发票是否经过认证。已经认证的，办税服务厅将《申请单》及空白《通知单》转有关管理分局（科）进行实地核实。经调查符合条件的，调查单位填写《通知单》，调查人员及其直接上级在《通知单》上签字，连同《申请单》一并转办税服务厅送达纳税人。经调查不符合条件的，调查单位应当场告知纳税人，将《申请单》转办税服务厅留存。
未经认证或认证未通过(不包括“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”)的发票，不得开具《通知单》。
负数发票三、自2007年4月1日起，《增值税应税货物或劳务销货清单》不再由国税机关印制、发售，改由企业使用增值税防伪税控开票系统自行开具。
四、一般纳税人申请一百万元以上最高开票限额的，使用新的《最高开票限额申请表》，所需资料以及申请一百万元（含）以下限额的，仍按原规定办理。
五、一般纳税人需要在申报所属月份分次报税的，必须经主管税务机关同意。
六、对2006年开具的专用发票，在2007年4月30日前可按照原规定开具红字专用发票。
七、具体相关政策请咨询主管税务机关。
开票条件
负数发票要做好负数增值税专用发票的数据采集工作，首先必须对如何开具负数增值税专用发票有一个正确认识。如果不对负数增值税专用发票开具作出规定，任由企业随意开具负数增值税专用发票，不仅不利于数据采集工作，而且影响交叉稽核质量。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》、《中华人民共和国发票管理办法》的规定，企业只能在下列情况下才可开具负数增值税专用发票：
（一）企业跨月作废开具红冲增值税专用发票，必须先收回已发出给购货方的发票联和抵扣联。收回的发票联和抵扣联是企业开具红冲增值税专用发票的合法凭据，在未收回发票联和抵扣联前，企业不得擅自开具红冲增值税专用发票。企业在记账时，要将被冲销的发票联和抵扣联以及对应冲销的红冲发票联和抵扣联附在红冲增值税专用发票记账联后面，以便备查，开具的红冲发票联和抵扣联不得交付购货方。
（二）企业发生退货或折让开具负数增值税专用发票，必须收到由购货方税务机关开具的《增值税进货退出与折让证明单》后，方能开具相应的红冲增值税发票。《进货退出与折让证明单》是企业在发生退货或折让时开具红冲增值税专用发票的合法凭据，在未取得《进货退出与折让证明单》前，企业不得擅自开具红冲增值税专用发票。企业在记账时，要将《进货退出与折让证明单》附在红冲增值税专用发票记账联后面，以便备查。开具的红冲发票联和抵扣联交付购货方。
发票处理
负数发票（一）销货企业开出发票，本月内发现错误，在未收回发票联、抵扣联的情况下不得作废；若购货方在抵扣联认证后又将发票退给销货方，销货方应在同一会计期间内将发票作废。以上情况在稽核子系统比对后会产生属于作废发票进行抵扣，应转入协查子系统进行协查。这时一定要注意当月相应存根联采集，否则就形成缺联票。
（二）销货企业开出发票，本月内发现错误，在收回发出给购货方的发票联和抵扣联后，可在当月做作废处理；若发出的发票联和抵扣联无法收回，销货企业此时不能做作废处理，要凭对方提供的《进货退出与折让证明单》开出负数增值税专用发票冲销，同时要注意存根联的采集。
（三）销货方凭购货方提供的《进货退出与折让证明单》才能开具的负数增值税专用发票的处理。此类负数增值税专用发票要求在报税时将存根联进行采集。
负数发票（四）购货方提供《进货退出与折让证明单》取得销货方开具的负数增值税专用发票抵扣联，应在当期认证。如购货方不及时认证并冲销进项税额，可按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定给予处罚。
（五）跨月作废形成的负数增值税专用发票的处理，主要有三种情形：
1、销货企业必须在收回原来已发出的发票联和抵扣联后方能跨月开具负数增值税专用发票，对购货方已认证并无法收回的发票联和抵扣联，必须凭税务部门的《进货退出与折让证明单》等，否则不予开具负数增值税专用发票；
2、销货企业当月开出的负数增值税专用发票的抵扣联应全部在当月认证；
3、销货企业当月开出的负数增值税专用发票的存根联必须在次月的报税期内与其他存根联一道报税，进行存根联采集。